قبل يونيو 1967 كانت القنيطرة المركز الإداري والتجاري لمنطقة الجولان. هجر سكانها منها عند احتلالها من قبل إسرائيل. بين 1967 و1973 استخدم الجيش الإسرائيلي المدينة كساحة لتدريبات قواته وأسكن الجنود في بعض مبانيها المهجورة. كانت محاولة فاشلة لاستيطان المدنيين الإسرائيليين في المدينة ولكنهم انتقلوا إلى موقع آخر في الجولان. شن الجيش السوري هجمات صاروخية على المدينة، في إطار ما يسمى اليوم حرب الاستنزاف، لتشويش تدريبات القوات الإسرائيلية فيها، مما ألحق أضرارا ملموسة بمباني المدينة. في حرب أكتوبر نقلت المدينة من سيطرة القوات الإسرائيلية إلى القوات السورية، ثم أعاد الجيش الإسرائيل احتلالها، فكانت تحت السيطرة الإسرائيلية في نهاية الحرب. في اتفاقية الهدنة، أي اتفاقية فض الاشتباك، التي وقع الجانبان عليها في 31 مايو 1974 بوساطة أمريكية، تقرر انسحاب القوات الإسرائلية من عمق الأراضي السورية إلى مواقعها قبل أكتوبر 1973 باستثناء مدينة القنيطرة وبعض القرى المجاورة لها (رويحينة، وبئرعجم، والمدارية، وبريقة وكودنة) التي تقرر إعادتها لسورية مقابل التزام سوري بإبعاد قوات الجيش السوري وراء شريط يخضع لمراقبة قوات هيئة الأمم المتحدة. تضم الاتفاقية بندًا يدعو إلى إعادة المدنيين السوريين إلى المناطق التي انسحبت الصهيونية منها، وينص ملحق أضيف إلى الاتفاقية على إرسال قوة خاصة للأمم المتحدة (UNDOF) لمراقبة الهدنة وتطبيق الجانبين للاتفاقية، وما تزال هذه القوة متواجدة في المنطقة منذ ذلك الوقت وحتى الآن، ويقوم مجلس الأمن بتمديد مهمتها مرة كل ستة أشهر.

دمار القنيطرة
تدعي الحكومة السورية أن المدينة تعرضت لتدمير متعمد من قبل إسرائيل في الأيام القليلة التي سبقت انسحابها منها، بينما تنفي إسرائيل هذا الاتهام[بحاجة لمصدر]. تبنت الجمعية العمومية للأمم المتحدة الموقف السوري في قرار لها برقم 3240، فعبرت عن قناعتها العميقة "بأن القوات الإسرائيلية والسلطات الالصهيونيةية المحتلة كانت مسؤولة عن التدمير المتعمد الكامل لمدينة القنيطرة، في خرق للبند 53 من معاهدة جنيف لعام 1949 تحت البند 147..." [6]. وبغض النظر عن الطرف الذي تسبب بدمار المدينة فإن الجزء الأكبر من ذلك الدمار كان متعمدًا لذاته لا عرضيًا.

منذ إعادة المدينة إلى سورية في 1974، لم تقم الحكومة السورية بأعمال ترميم أساسية للمدينة، وما تزال المدينة خربة حتى الآن تعرض فيها الحكومة السورية ما تراه تدميرًا متعمدًا على زوارها وترفض إعادة بنائها - بالرغم من استدعائها لإعادة النازحين في اتفاقية الهدنة[7] - وتقول بأنها لن تعيد إعمار المدينة حتى انسحاب الصهيونية الكامل إلى حدود 4 حزيران/يونيو 1967 (شرط لا يرد في اتفاقية الهدنة). من جانب آخر، عملت السلطات السورية على بناء مدينة صغيرة بضواحي القنيطرة وأطلقت عليها اسم "مدينة البعث" كما أعادت إعمار القرى الجولانية الأخرى التي استعادتها.